MAN 2 Cirebon mengadakan PMBM secara Online, hal ini dilakukan agar proses PMBM dapat berjalan dengan cepat dan efisien. Para Calon peserta didik cukup mengakses website PMBM online MAN 2 Cirebon. PMBM jalur umum dan Prestasi untuk Kelas Fullday (Program Keahlian IPC) dan kelas Reguler (saintek, soshum, language dan keagamaan) setelah pendaftaran siswa diharuskan untuk melakukan tes BTQ dan Wawancara. MAN 2 Cirebon menerima 13 Kelas Reguler dan 2 kelas Fullday. Kelas Fullday merupakan kelas khusus sebagai mercusuar dari MAN 2 Cirebon. Di kelas Fullday Siswa belajar di kelas Full AC, Wifi dan menggunakan iFp (Interactive Flat Panel) adalah perangkat layar datar berukuran besar dengan teknologi sentuh interaktif (sering disebut papan tulis digital) yang menggabungkan fungsi monitor, komputer, dan proyektor dalam satu unit all-in-one.
Pembelajaran terbagi menjadi 2 sesi, pagi dan siang hari sampai pukul 16.00. sesi siang digunakan untuk praktikum MIPA, Life skill, Kelas pilihan olimpiade, english area dan tahfidz quran. Program Unggulan kelas fullday misalnya Karantina english area pare kediri 1 bulan di kelas x, karantina tahfidz quran 1 bulan di kelas xi dan pendalaman TKA dan UTBK di kelas xii. ada pula English Talent show, Outdoor teaching Matrikulas Matematika tingkat awal, EEkstrakurikuler robotik. Kurikulum di kelas Fullday disertai dengan peminatan IPC yaitu menggabungkan saintek dan soshum, agar siswa bebas memilih jurusan di perguruan tinggi. ada 6 mata pelajaran pilihan yang ditawarkan, Matematika TL, Biologi, Fisika, Kimia, Ekonomi, Geografi dan Sosiologi
